心理分析的治療是根據心理分析的理論進行的。其治療更多的是對神經癥的治療。由于心理分析理論認為癥狀是神經癥性沖突的結果，它是經過化裝的，背后必有無意識的癥結。因此心理分析治療著重在尋找癥狀背后的無意識動機，使之與意識相見。即通過分析治療使病人自己意識到其無意識中的癥結所在，產生意識層次的領悟（insight），使無意識的心理過程轉變為意識的，使病人真正了解癥狀的真實意義，便可使癥狀消失。具體治療的方法如下。
1. 自由聯想（free association）
自由聯想法是弗洛伊德1895年創造的。他讓病人很舒適地躺著或坐好，把自己想到的（進入頭腦中的）一切都講出來，不論其如何微不足道、荒涎不經、有傷大雅，都要如實報告出來。心理分析家的工作則在于對對方所報告的材料加以分析和解釋，直到從中找出病人無意識之中的矛盾沖突，即病的起因為止。在弗洛伊德看來，浮現在腦海中的任何東西都不是無緣無故的，都是有一定因果關系，借此可發掘出無意識之中的癥結所在。
2. 釋夢
弗洛伊德1900年出版了《夢的釋義》一書。他在給神經癥病人治療時發現夢的內容與被壓抑的無意識幻想有著某種聯系。他認為睡眠時自我的控制減弱，無意識中的個體戶乘機向外表現。但因精神仍處于一定的自我防御狀態，所以這些欲望必須通過化裝變形才可進入意識成為夢象。因此夢是有意義的心理現象，夢是人愿望的迂回的滿足。
在夢中所出現的幾乎所有物體都具有象征性，成為性器官和性行為的象征。夢的工作通過凝縮、置換、視象化和再修飾才把原本雜亂無章的東西加工整合為夢境，這就是夢者能回憶起來的顯夢。顯夢的背后是隱夢，隱夢的思想，夢者是不知道的，要經過心理分析家的分析和解釋才能了解。對夢的解釋和分析就是要把顯夢的重重化裝層層揭開，由顯相尋求其隱義。
為了得到夢的潛隱內容，治療者仍需采用自由聯想技術，要求病人對其夢中內容進行自由聯想。通過聯想，治療者就可獲得夢的真實意義。在分析過程中，由于阻抗的作用，病人可能會歪曲夢的內容。因此，治療者還需突破病人清醒時的防御，才能達到理解夢的象征性的目的。
3. 阻抗（resistence）
這是指病人有意識或無意識地回避某些敏感話題，有意無意地使治療重心偏移。有意識的阻抗可能是病人怕治療者對自己產生壞印象，或擔心說錯話，或對治療者還不能信任，這種情況經治療者說服即可消除阻抗。無意識的阻抗則表現為對治療的抵抗，而病人自己則并不能意識也不會承認。病人往往口頭上表示迫切希望早日完成治療，但行動上對治療卻并不積極熱心。病人也可能很難正視和討論他的創傷性體驗，或尋找其他話題。在自由聯想過程中，病人還會表現出很難回憶起一些與癥狀相關的重要事件及線索。
病人對心理分析治療的這種強列抵抗，自己無法意識到，也不會承認，他們可能還會為自己的這種無意識行為尋找理由，進行辯解。無論其表現形式如何，阻抗會一直貫穿于治療的全過程之中。阻抗一方面是治療神經癥的障礙；另一方面它是治療的中心任務之一。心理分析的治療無法回避這種無意識的阻抗。治療者需經過長的努力，通過對阻抗產生的原因的分析，幫助病人真正認清和承認阻抗，治療便向前邁進了一大步。
4. 移情（transference）
由于做心理分析治療所用的時間很長，病人會把對父母、親人等的感情轉移到治療者身上，即把早期對別的感情轉移到了治療者身上，把他當成自己的父母、親人等。像我們前面所講的那樣，這種移情有的是正性的、友愛的，有的是負性的、敵對的。但移情并非是對治療者產后的愛慕，也不是有意識的恐嚇，移情是病人無意識阻抗的一種特殊形式。移情表示病人的力比多離開原來的癥狀而向外投射給治療者，此時移情成了治療的障礙，亦變成了治療的對象。治療者通過移情可以了解到病人對其親人或他人的情緒反應，引導他講出痛苦的經歷，揭示移情的意義，使移情成為治療的推動力。由于心理分析治療認為病人在分析過程中都會對治療者產生移情，由于對移情的處理成為病人對癥狀領悟的重要來源，移情因此被認為是心理分析治療中的重要組成部分。
弗洛伊德曾這樣寫道"治療的工作乃可分為兩個方面：第一，迫使力比多離開癥候，而集中于移情作用；第二，通過移情作用而恢復力比多的自由。我們要使這個新矛盾有一成功的結局，必須排除壓抑作用，力比多才不再逃離自我而逃入無意識。而此事之所以可能，又是由于病人的自我因為分析家暗示的幫助而有了改變。解釋的工作即將無意識的材料引入意識，于是自我乃因無意識的消逝而逐漸擴大其范圍；又因教育而與力比多取得和解，于是自我也愿給力比多以某種限度的滿足，自我能使少量力比多我為升華之用，于是對力比多的畏懼也漸漸減弱了。治療的經過愈接近這一理想的敘述，則心理分析治療的效果也愈增大"。
5. 解釋
解釋是心理分析中最常使用的技術。要揭示癥狀背后的無意識動機，消除阻抗和移情的干擾，使病人對其癥狀的真正含義達到領悟，解釋都是必不可少的。解釋的目的是讓病人正視他所回避的東西或尚未意識到的東西，使無意識之中的內容變成意識的。
解釋要在病人有接受的思想準備時進行，此外，單個的解釋往往不可能明顯奏效。較有效的方法是在一段時間內漸漸地接近問題，從對問題的澄清逐步過渡到解釋。因此，解釋是一個緩慢而又復雜的過程。通過解釋，治療者可以在一段時間內，不斷向病人指出其行為、思想或情感背后潛藏著的本質意義。
