最常見的副作用，是使患者停滯不前。比如，一個依賴型的患者，把依賴的模式轉移到醫生身上，而這個醫生沒有察覺，下意識地在滿足和鼓勵患者的依賴模式，這將導致患者的依賴模式難以解決，治療當然就會停滯不前了。還有的患者心理問題的核心是被動、習慣于接受別人的控制，如果恰好遇到一個習慣于控制別人的治療師，患者和治療師會形成“控制－接受控制”的病態同盟，這樣的關系表面上似乎非常舒適，但是，患者的根本問題并沒有得到解決，患者的人格沒有得到發育和成熟。

第二種可能出現的副作用，是加重患者的病情，這樣的情況，是非常少見的。通常發生在邊緣型人格障礙的心理治療。由于這些患者的心理防御機制比較脆弱，如果治療強度過重，會使患者的防御機制崩潰，使病情一過性地加重。還有個別患者，存在著隱蔽很深的自虐心理，將心理治療視為自虐的工具，這樣的人，心理治療在表面上越成功，他的受虐心理越得到滿足，病情也就越重、越頑固。

第三種可能發生的副作用，是制造新的問題。這樣的情況，將是非常罕見的。它通常發生在一個非常變態的醫生和一個心理上非常幼稚的患者之間，是以醫患雙方嚴重的施虐受虐心理做基礎的。這種情況似乎只是在西方的心理片中可以領略得到。

第二種常見誤區，是病人在心理治療過程中，顛倒了醫生和病人間的主次關系。心理病的診療與一般疾病的一個顯著區別就在于，患者是治療的主體，醫生是輔體。如果把心理病的治療比做一次心靈手術的話，那么最合適、最理想的手術者并非心理醫生，而是心理病患者本人，心理醫生只是手術的助手和顧問，絕不能越俎代庖，否則，只會拔苗助長。

第三種常見誤區，是病人對于治療的難度和所需時間估計不足。據研究，任何心理病的產生，都有病態性格做基礎，性格基礎不動搖，心理病的癥狀也將難以根除。而性格是在五歲以前的鑄型作用形成的，五歲以后，就基本定型，一旦定型，終生難以改變。我國的諺語里，也有“江山易改、本性難移”的說法，可見，心理病的診治原本就是艱難而漫長的。對此缺乏認識和沒有足夠的準備，陷入急于求成的誤區，治療就容易失敗。

比如：精神分析治療通過自由聯想和對失誤、夢的解釋等，把壓抑在無意識中的動機愿望召回到意識中來。治療者通過多次的揭示和解釋，使病人擺脫現今的心理困擾，放棄那些不成熟的情緒反應，獲得良好的適應，由此達到治療的效果。但精神分析治療的方法過于強調過去體驗對現在的影響，忽視引起、維持現時行為的現實剌激。過分看重生物驅力，忽視個人期望、努力的作用(王磊,1994)。長期進行精神分析治療，就可能給病人帶來一種誤導，在遇到問題時，傾向于尋找外因，或早期經驗，而推卸自己應承擔的責任，放棄現時的努力。而這是與心理治療的根本目標助人自助相違背的。

行為治療也同樣可能存在副作用。行為治療有許多種類和技術，但都有共同的特點：重視現在的各種癥狀，強調新近的而不是過去的決定因素，外在行為的改變被看作是評定療效的標準。但行為治療過分強調環境而失去對人心理本身的關注。在對一些神經癥的治療中，行為治療很快會使病人的一些癥狀減弱甚至消除，如強迫性洗手，但病人不久可能會產生新的問題或癥狀。治療師同病人一起關注癥狀本身，加強了病人的不良人際溝通模式，即通過癥狀引起別人的關心。表面上看，治療了問題，實際上，治療師認同了病人的人際交往模式，也就強化了癥狀。

認知治療認為認知上的歪曲與局限，導致了情緒的紊亂和行為的適應不良。其治療的關鍵是改正人的認知。但認知理論忽視了動機和情緒在人格中的作用。所以單獨進行認知治療時，有部分病人的反饋是，道理可以想得通，但實際對生活的改變卻不大。單獨的認知治療所帶來的副作用常常是使某些病人更加糾纏在觀念中，無法突破自我的局限，沒有行為上的實質變化。